甘南林区生态功能良好与否，直接影响着长江、黄河源头的生态安全。
甘肃省甘南藏族自治州地处黄河、长江两大水系的分水岭地区，是黄河重要水源补给区和黄河、长江上游的河源区。甘南林区是黄河、长江上游河源区的重要林区之一，也是甘肃最大的天然林区，生态地位十分重要，对长江、黄河源头的生态平衡发挥着重要作用。
为保护好黄河、长江源头的生态环境，甘南州持续加大林业生态建设力度。2013年，甘南州委、州政府明确将用于生态建设的资金，每年按生态转移支付总额的30%递增，3年内生态转移支付专项资金全部用于生态建设，有力支持和保障了全州生态建设工程顺利实施，进一步加快了全州林业生态保护建设步伐。与2000年相比，甘南州林地面积增加100万亩；森林面积净增134万亩，森林蓄积量净增540万立方米；森林覆盖率提高了3.59个百分点，达23.44%。
为改善全州生态环境，甘南州围绕“一江三河”4条生态廊道建设，全州每年完成义务植树1.5万亩200万株以上，并协调省属白龙江林管局洮河、迭部、舟曲林业局，实施义务造林近万亩，先后在合作四山、舟曲南山、迭部北山等地建立较大规模的绿化基地和绿化带26处，总面积7.4万多亩。
为充分调动农牧民群众开展造林绿化的积极性，甘南州于2011年10月完成集体林权制度改革主体改革任务，共确权颁证332万多亩，参与集体林改的7万余户农牧民全部拿到林权证，在拓宽农牧民增收渠道的同时，有力地促进了森林资源管护工作。
一手抓植绿的同时，甘南州还持续加大护绿力度。
甘南州全面启动天然林资源保护工程，其中天保工程一期完成封山育林42.91万亩，有效管护天然林资源509.71万亩。2011年，天保工程二期建设启动，每年落实森林管护面积643.42万亩，完成封山育林12.3万亩、人工造林0.3万亩。同时，通过强化各项管护制度和责任措施的落实，全州有效保护公益林资源近233万亩，年兑现落实森林生态效益补偿资金1300多万元。此外，甘南州还通过加大公益林补植补造、资源监测等公共管护项目实施力度，维修改造林区道路92公里，高质量完成森林抚育试点13.3万亩、造林补贴试点1.7万亩。
为保护全州生态资源安全，甘南州重点抓好林业“三防”工作。其中，全州各县市森林公安、林政部门先后组织开展“春雷行动”“绿盾行动”等一系列护林刹风专项整治行动和违法占用林地专项清理活动、保护野生动物专项执法行动，对重点部位、重点区域进行了重点整治和打击，规范林地保护管理，规范各类工程建设和水电、矿产开发征占用林地的审核审批，遏制破坏森林资源违法犯罪行为。同时，全州还不断加大森林防火工作力度，完善森林火灾监测预警机制，落实森林防火值班值守和入山检查制度，完成总投资2035万元的甘南州森林防火一、二期建设项目，使全州森林火灾防控能力和快速处置能力显著提高，为全州森林资源安全提供了有力保障。为保护全州林业生态建设成果，甘南州各市县财政每年落实10万元专项经费大力实施林业有害生物防治，有效遏制和降低了林业有害生物的危害，保护了全州森林资源安全。
甘南湿地是维护黄河中下游地区生态安全的天然屏障。近年来，甘南州如期完成了中国湿地生物多样性保护与可持续利用(GEF)项目若尔盖湿地甘南部分工作，实施完成总投资2243万元的尕海则岔国家级自然保护区、黄河首曲自然保护区湿地保护建设项目，高原重点湿地得到有效保护与恢复。
尕海湿地及其泥炭资源在生物多样性保护和储水、供水特别是储存碳汇方面具有极其重要的生态意义。2000年以前，因人为因素、水土流失和气候变化等原因，尕海湖面积不断缩小。甘南州采取多种措施，使当地牧民对草场合理利用的观念得以转变，牧民已不在禁牧区的沼泽化草甸湿地上放牧，牛羊及人为对候鸟栖息造成的影响基本消除，禁牧区的草场得到了休养生息。甘肃尕海则岔国家级自然保护区通过修建尕海滚水坝、引忠曲河水入湖、建设尕海核心区围栏，同时实施生物多样性保护，使尕海湖地下水位提高，蓄洪和调节气候的能力大大增强，植被盖度和高度显著提高，生物量随之增加。
目前，尕海水域面积由480公顷扩大到2100公顷，湿地面积达到近年来的最高值。水鸟种群和数量的变化是尕海湖生态变化的“晴雨表”。截至2015年底，尕海则岔国家级自然保护区调查、监测发现的鸟类分布新记录有107种，鸟类种数达252种。国家一级保护动物黑鹳最多时在2011年监测到420多只，黑颈鹤数量稳定在100只以上，2013年-2015年，在尕海湿地栖息的鸟类超过3万只。
