“以心为本”和“万法唯心”含义完全不同。
学佛“以心为本”是佛教界各派的统一观点，而“万法唯心”只是唯识派一家的观点。
“以心为本”的观点，并不排除思想意识以外的一切的法，即客观世界的存在，但“万法唯心”的观点，排除了除思想意识以外的一切客观存在，即“境空识有”。因此，不能把这两种说法混为一谈。
佛教从本质上来说，是以“脱苦得乐”、“去染还净”为终极目标的一种意识形态体系。“苦”与“乐”是思想感受，“染”与“净”是心性的状态。因此说，学佛的根本是“心”。
又因生命流转的本质是苦，受苦的根源是烦恼和造业行为，而“烦恼”是受染心的心理活动表现，造业行为是受思想意识支配的身言活动，二者又离不开“心”。
学佛修行的根本是“修心”，因为，“心明”才能分辨是非善恶，“心善”才会弃恶扬善，“心诚”才能精进学修，“心慈”才能利乐众生。“入定”是散乱心的排出，“见性”是心智功能的质变，“神通”是定心的功能，成佛是两种“菩提心”的结果。事事处处离不开心，受心的影响，所以说，修佛以修心为本。
“以心为本”这句话只是点明了心的主体地位和主导作用，并没有否定“心法”以外的“色法”、“不相应法”和“无为法”的客观存在。但“万物唯心”指的是哲学上的一种见解。这种观点认为一切外境事物都是思想意识中的境识的显现，犹如梦中境物，心物无二。
正宗的唯识论，对境空识有、识境无二等有一套比较严密的思辨方法。不像当今的庸俗的识观说那样，公然否定客观事物的存在，把山河大地都说成是自己心识的显现。这种观点不但违背科学，就连佛教中的中观、经论派、毗婆沙派都不予承认。这种观点，经不起考查辩论，只能对那些无理性思辨能力的普通信徒故弄玄虚地说说而已，若略做考察，便见漏洞百出。
