在历代觉囊派高僧中，多罗那他尊者对时轮六支瑜伽的解释最为全面，他认为《时轮根本续》是对集密思想的进一步深化。例如，在“修行品”中，把集密六部法概括为身、语、意三种曼荼罗，运用收摄、禅定、行风、持风、随念和三摩地等六种瑜伽修证，重点修气。如说：“一切相顺，知视任何要点的根本脉、气、明点的瑜伽所缘，用合气、幻轮方式专注自身中脉。”生起上降四喜和下固四喜，“以他身智慧道、身语功用和分别心不去分别，空色大手印引导不变大乐。”最后达到一种空乐境界。
　　多罗那他尊者认为，身、语、意三种曼荼罗是六支瑜伽的重点修证对象，如果修行达到一定程度，所现的烟等相及其它各种特殊感受和体验具有粗细、明非明、坚固非固等差别。对于身来说，所现各种身态是心感受的快乐，一般先感受到身体局部乐，慢慢使身体的大部、全身、身心和内外一切都进入快乐状态。一切语态之心是阻止气流通，方法多种多样。意态是心无分别，即空性感受，一是心不念有的无分别，二是明空无分别等。
　　明、空、乐是六支瑜伽的修行体验，多罗那他尊者分别作了阐释。他说心性光明，既是心性本来光明，也是乐，瑜伽士心中出现的自性明乐相是光明十相；“心现自性乐相是从收摄修得的快感形成的，处于佛地乐之间，尚未达到佛的境界。本性空相在瑜伽士心中出现是从身、语、意三寂开始的，是圆满佛果之间出现的空感。明、空、乐三者没有差别，但是在修行者的心境中是从明到空，再到乐。多罗那他尊者解释说：从感受明空乐说是未迷妄；从他相有位说一异是迷妄。”从所依身讲，气住心脉轮；从能依心讲，心性住于心体明空乐，所以能现各种自性，犹如从浑浊的河流中取一瓢水，不一会儿瓢中水澄清处于静止状态，现出水的本色。因此，气、脉、明点、心体为空体，气、脉、明点、心法由地界摄收，它们的本体是清净法性，在修行者心中现为烟及炽燃相。这样，空乐主体现为电和明点，法性本体、自性、法性是明空乐一体之慧。
　　多罗那他尊者对收摄瑜伽十相从多角度多方面作了解释。第一，烟等十相是诸法，地界所摄诸法法性现烟等十相，有性即是法性，本住于心体中。但是，烟等明相无其它法，只是名言。如，明镜能够全面显示情器世间的影子，当情器世间的影子在镜中出现时，镜中再无别的情器世间的影子。所以，地界所摄一切法的法性作为烟相出现，内外情器世间各种现象含有地界所摄诸法，如幻如化，并非实有。因此，烟相没有别相或界法。
　　阳焰相是水界法性；荧相是火界法性；灯相是风界法性；明点相是虚空界法性。从世俗谛讲，修行者心中出现的十相都是幻有，自性无分别，十相一性只是作为名言概念，并非实有。在胜义上，不存在一性和异性，但是烟有是阳焰相。因此，即使有、一性差别，也是假设的。
　　那么，如果法性无分别，地的法性烟，水的法性阳焰又如何？名罗那他说：“法性虽无自性分别，假立之时唯由退还位区分，安立在世俗异有的法性上并不矛盾。地界是从迷乱法性烟相位认识的，虚空界是法性明点迷乱之间的有，安立十相为地界及其法性，以修收摄道。” 另外，烟等十相是情器世间法体，也是脉界的主体、法界智、阿赖耶、胜义本尊咒、胜义佛，加强修行，净化金刚身的脉界、明点，以佛脉、明点修一切善法，究竟诸道。
　　多罗那他尊者强调指出，见十相即是见如来藏，如来藏是心性、法界、胜义谛、空性、真如性或正边，非断空，也非色法空，而是出现的正智相。从空性说，空性是诸法的基础，自性本来离戏论。由于心体一性，造成烦恼习气，出现阿赖耶识轮回法，内现情世间众生无限金刚身，外现各种器世间，唯独智慧能变化轮回涅槃诸法。“心体诸相法上，与轮回法相同的本尊、地狱等相非世俗相，而是胜义相。” 非有法，而是法性，世俗中的本尊、地狱并非实有，而是心之“有” ，非胜义相，是世俗。因此，胜义三有（生有、中有、死有）之“有” 是真实性，世俗三有之“有” 是刹那烦恼。心体本来具有信、仁慈、智慧等相，这是胜义，而由道与精进力所生的信、仁慈、智慧是世俗，心体不是基、道、果世俗法增长之因，而是法性。多罗那他尊者说“胜义非与世俗有联系，世俗无自性，故无关系。”由于世俗心中有胜义法性，所以有世俗；如果没有胜义法性，世俗也不可能出现。因此说胜义和世俗没有关系。倘若两者之间有关系也表现在名言概念上，是一种假设关系。他的这套理论从根本上否定了中观学派倡导的胜义谛和世俗谛之间相辅相成的互为关系，在提倡世俗空的同时，肯定了胜义有。如说：“虽然自性有，却无任何世俗相，世俗诸相本来无过。”在他看来，法界诸相，是心体，叫做心体光明，它的体性是不变乐，它的本质是空色大手印，是三时诸佛的本性，名叫如来藏。“见空色故见心性，见法身，见胜义谛，见真实性，见灭谛。”
　　既然法界一切现象是由心体所现，那么何为法？多罗那他尊者说，法是自性尽灭，除此之外，再无其他法。所以，胜义空性从未有过生死轮回，烦恼是心的迷妄，各种烦恼聚积各种业，导致各种苦。除苦的最好方法是修道，一边修一边灭苦，最终全部消除，当证达佛果时，以前诸苦、生死过患随着 消失。
　　由上窥见，多罗那他尊者解释的六支瑜伽，在收摄位主讲十相；禅定位讲如何离戏论；行风位解释离一切戏论之我空性体与心性一体，以及脉、气法性，或胜义脉气，护持明空三摩地，脉的本性是光明，气的本性是空，左右气为错乱本性。因此，在没有错乱的智慧光明有相中，十气转化意味着气入中脉，有相与中脉智气是一体。三摩地位，明点自性是乐，乐与有相同体，是正脐轮火。这时，十气必须融入平等乐的三摩地。从这方面讲，众生本来有法性脉、气、明点诸相空体与乐双运的本性，在此界必须净冶“有” 的脉、气、明点。
　　在随念位，成就空体诸相。虽然诸相本有，然而在修行者心中得不到随念，无法即刻现相。获得随念后，现见诸相。
　　在三摩地位，空体与大乐双运。多罗那他尊者说：“双运本有，未得三摩地时，对所依身来说，明点重要。依明、气轮，心性安乐，所缘境与空体无二无别。但是，瑜伽士体验不到这种关系。获得三摩地后，本位错乱已尽，解证所缘境与空体无别，故双运。” 在六支瑜伽中，灭谛所摄一切为一性，是胜义坚固法性；道所摄的修行者心中的智慧、境、法性、所缘之相为无常，是世俗。多罗那他尊者强调说，从收摄位的空体、乐到三摩地位的空体、乐之间，空乐无别，“道之六支所缘之境法性为一性，是所缘，六支道各位出现不同分位，各分位又出现六种不同证悟法。”由此可见，六支瑜伽的前四支修证空体非一切相，后两支的空体是相。六支瑜伽的前五支体验的乐非不变乐，三摩地瑜伽之乐是不变乐。如果收摄位十相修不坚固，禅定位相仍不坚固。确切地说，凡是修炼六支瑜伽前四支的人的心能体验诸相空体，修炼后两支的人的心自证诸相。多罗那他尊者从圆满次第方面，把六支瑜伽分成极根、中根和低根，收摄与禅定属于低根；行风与持风属于中根；随念和三摩地属于极根。