一般我们对阿赖耶识的认识,都认为它是一个含藏种子的地方。它可以含藏轮回的种子,也可以含藏涅槃的种子,总之它是一切业种所放置的地方。所以它是一切妄念、习气置放的地方,阿赖耶识本身是无记。阿赖耶识它本质是智能,只是它没有办法显出智能的特性,而它处于一种混浊的状态,所以我们说它没有办法现出它的清净相,也就是智慧。但是清净相智智慧,也就是隐藏在它当中,这比喻就像是一盆混浊的水,水也有它干净的本质,就好像我们也有智慧聪明的状态是一样的。但是在剎那间迷妄了,所以智慧本质显不出来,所以混浊的状态是一种习气所积习的地方,这就是我们说的阿赖耶识。
  所以含着很多沙尘的地方,就像我们说含藏着无明的阿赖耶识,进一步来说法身,智慧法身也就是不混浊的水,现出清净相的阿赖耶识。离混浊状态的水,我们比喻成智慧法身,所以我们常说觉空、智慧法身讲的是同一件事情,我们把智慧叫“耶谢”,这“耶谢”就是指本初智,在藏文中“耶”是指从本以来,“谢”是智慧,智慧是本来就有的,从本初就有的。心与智慧的差别是指,存在一种混浊迷妄的情况我们叫心,当心转迷成觉的时候叫智慧,所以我们说心和智慧,就好像我们说阿赖耶识和法身一样。
  我们会常常认为说有情和佛是会有差别的,但是从认识心和智慧,阿赖耶识和法身的关系之后,就可以知道水是一样的,一个是混浊状态,一个是清净状态。也就是说有情和佛是一样的,一个是迷的状态,一个是悟的状态。但如果说它们完全没有分别,也不是正确的。就好像混水和净水一样是水,但是你不会把混水拿来喝,你会把净水拿来喝,同样佛与众生,你说它完全一样吗?但是又有些不一样,所以前面所说的阿赖耶识和法身,的确有些差别,如果对前面所说的法身智慧和心有兴趣的话,可以看《现观庄严论》,《现观庄严论》中关于身,就分三身、四身、五身,它有很细微的差别。