首开活佛转世先例的是藏传佛教噶举派中的一支—噶玛噶举。其创始人是藏族历史上享有盛名的高僧都松钦巴（公元1110—1193）。据记载，都松钦巴大师临终前口传遗嘱，说他要在人间转世，让他的大弟子们在他圆寂后寻访教法继承人。他是藏传佛教高僧实行转世传承的第一人，在西藏历史上开创了“活佛转世”的先河。都松钦巴的继承者噶玛拔希先后与元朝的几个首脑人物建立了密切的关系，被元朝的前身—蒙古汗国的大汗蒙哥授予金边黑色的僧帽和大量的财产，将噶玛噶举教派集团治理到能与萨迦派相抗衡的地位。1283年，噶玛拔希临终前，要求弟子寻找一小孩作为转世灵童继承黑帽，黑帽系活佛转世从此开始。
在噶玛噶举派开创活佛转世制度后，藏传佛教其他教派开始效仿。与其他教派所不同的是，每一世噶玛巴圆寂前都会留下含有转世灵童线索的遗嘱，如下一世的出生地名、父母的名字、灵童出生年月等，弟子们依照遗嘱来寻找和认证转世灵童。其他教派则需要透过曲仲（护法降神）、观察神湖、神谕、占卦，甚至以其圆寂时头所倾斜的方向等等方式来寻找和认证转世灵童。
达赖活佛转世系统创建于16世纪。
班禅活佛转世系统出现于1713年。
