南加藏学研究院创建于1958年，它位于锡金的Deorali，靠近中甘托克南部。主要致力于推进锡金地区的藏学研究。研究领域包括：宗教、历史、语言、艺术、民间文化等。南加藏学研究院的图书馆是世界上藏学著作藏书最丰富的图书馆之一，它还有一座博物馆主要收藏西藏造像和佛教艺术品。南加藏学研究院从1964年起创办藏学刊物《藏学通报》（Bulletin of Tibetology），多年来它还出版了许多藏学图书。

修建南加藏学院的用地，是由前锡金法王扎西南加爵士（the late Chogyal (king) of Sikkim Sir Tashi Namgyal）为纪念其亡子帕觉南加（Paljor Namgyal）所赠与。1958年10月1日，前印度总理尼赫鲁宣布了开院仪式。研究院大楼具有庄严的锡金建筑风格。

2002年夏天，新任南加藏学研究院院长扎西?丹萨巴先生（Tashi Densapa）主持扩大研究院工作，重置研究领域，并且打开了国际合作的大门。

这项工作通过创设新研究项目、讲座、研讨会、合作项目、出版以及与国外学者的合作等方式正在进行。旨在希望积极推进锡金的藏学研究及其他相关研究事业，使南加藏学研究院成为东喜马拉雅的动态研究中心。为了达到上述目的，丹萨巴先生聘请阿尼玛沁研究院的扎西次仁（Tashi Tsering）作为兼职顾问和伦敦的丹炯巴博士（Anna Balikci-Denjongpa） 作为其合作研究者。

作为研究院的一项新研究项目，南加藏学研究院的研究人员们已经完成了清点锡金地区60多座寺院的社会历史文献，并将它们数字化。另一项研究计划是“照片锡金计划”，搜寻、数字化并归档古旧稀有的锡金、印度乃至海外照片。这项计划已经创立了一个数字照片银行并开始在南加藏学研究院进行展出。研究院还建立了一项影视人类学计划，以便制作永久用数字保留的锡金本土行将消逝的佛教文化。完成的第一部影片，《亭旺：一个锡金的雷布查小村》（“Tingvong: a Lepcha village in Sikkim” ）已在欧洲的多个民族学电影节上放映过。

藏学研究院不久将从总体上扩大它的基础结构和设施建设。一个涵盖图书馆、研究室、会议厅、影像制作室和管理机构的新建筑结构将在年内建成。一座雄伟的现代化南加藏学研究院展览大厅也已经得到了印度的美国国际中心的赞助。